Tuần 19–21/8/2026, Cục Thuế chính thức ban hành quy trình kiểm tra thuế mới tại trụ sở người nộp thuế theo Quyết định 1161/QĐ-CT, cùng lúc với Thông tư 119/2026/TT-BTC về chế độ kế toán khoản vay, trả nợ nước ngoài của Chính phủ và một loạt công văn hướng dẫn thuế GTGT, thuế tài nguyên, tiền thuê đất. Bài viết tổng hợp những điểm doanh nghiệp và kế toán cần nắm ngay để tránh bị động khi có đoàn kiểm tra.
📋 Mục Lục Bài Viết
Quy trình kiểm tra thuế mới theo Quyết định 1161/QĐ-CT
Theo quy định mới có hiệu lực từ 14/8/2026, việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện theo 5 bước:
- Công bố Quyết định kiểm tra thuế
- Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
- Lập biên bản kiểm tra thuế
- Xử lý kết quả kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
- Theo dõi, đôn đốc thực hiện kết quả sau kiểm tra
Thời hạn kiểm tra: tối đa 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, được gia hạn 1 lần không quá 20 ngày. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: tối đa 40 ngày (gia hạn 1 lần không quá 40 ngày). Trường hợp cần trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài, thời hạn có thể kéo dài tới 2 năm.
Một điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý: nếu làm kế toán trên máy tính, đơn vị phải cung cấp dữ liệu điện tử đọc được bằng phần mềm văn phòng thông dụng thay vì in giấy. Nếu chậm cung cấp hồ sơ quá 6 giờ làm việc kể từ khi nhận yêu cầu, hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác, đoàn kiểm tra sẽ lập biên bản vi phạm hành chính và xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP).
Đáng chú ý, biên bản vi phạm hành chính vẫn có hiệu lực pháp lý ngay cả khi người nộp thuế vắng mặt hoặc không ký, miễn có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra cùng đại diện chính quyền địa phương hoặc ít nhất một người chứng kiến.
Bảng tổng hợp văn bản pháp luật mới về thuế, kế toán (19–21/8/2026)
| Số hiệu | Ngày BH → Hiệu lực | Trích yếu |
|---|---|---|
| TT 119/2026/TT-BTC | 18/08/2026 → 01/01/2027 | Chế độ kế toán khoản vay, trả nợ nước ngoài của Chính phủ, chính quyền địa phương |
| QĐ 1161/QĐ-CT | 14/08/2026 → 14/08/2026 | Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế |
| QĐ 2199/QĐ-BTC | 14/08/2026 | Danh mục TTHC lĩnh vực Quản lý thuế tại Trung tâm HCC và Cổng DVC quốc gia |
| CV 5947/CT-KTr | 17/08/2026 | Chấn chỉnh xử lý hồ sơ làm sạch mã số thuế |
| CV 5868/CT-CS | 14/08/2026 | Hướng dẫn chính sách thuế GTGT |
| CV 5937/CT-CS | 17/08/2026 | Hướng dẫn về tiền thuê đất |
| CV 5995/CT-CS, 5886/CT-CS | 18/08 & 14/08/2026 | Hướng dẫn về thuế tài nguyên |
Phân tích theo từng nhóm chủ đề
Kế toán khoản vay Chính phủ — Thông tư 119/2026/TT-BTC
Thông tư yêu cầu các đơn vị quản lý nợ công mở sổ kế toán riêng để ghi chép nghiệp vụ vay, trả nợ nước ngoài của Chính phủ, theo danh mục và biểu mẫu tại Phụ lục II. Sổ phải mở đầu kỳ kế toán năm, số liệu kỳ sau kế tiếp kỳ trước, và phải khóa sổ cuối mỗi quý/năm trước khi lập báo cáo. Đối tượng áp dụng chủ yếu là Bộ Tài chính, Kho bạc Nhà nước, chính quyền địa phương — doanh nghiệp thông thường không bị điều chỉnh trực tiếp nhưng nên nắm nếu có khoản vay lại từ vốn ODA.
Thuế giá trị gia tăng (GTGT)
Công văn 5868/CT-CS hướng dẫn một tình huống cụ thể về chính sách thuế GTGT. Đây là công văn trả lời vướng mắc, không có giá trị quy phạm pháp luật chung, nên kế toán cần đối chiếu kỹ với hồ sơ thực tế trước khi áp dụng cho trường hợp của công ty mình.
Thuế tài nguyên và tiền thuê đất
Ba công văn (5995/CT-CS, 5886/CT-CS, 5937/CT-CS) hướng dẫn về thuế tài nguyên và tiền thuê đất. Doanh nghiệp có hoạt động khai thác tài nguyên hoặc thuê đất Nhà nước nên rà soát để áp dụng đúng, tránh sai lệch khi kê khai.
Làm sạch mã số thuế
Cục Thuế đang chấn chỉnh công tác xử lý hồ sơ làm sạch mã số thuế (Công văn 5947/CT-KTr). Sai sót thông tin đăng ký thuế — địa chỉ, người đại diện pháp luật, ngành nghề — có thể ảnh hưởng trực tiếp đến việc xuất hóa đơn và kê khai thuế của doanh nghiệp.
Ứng dụng thực tế cho kế toán và doanh nghiệp
- Chuẩn bị dữ liệu điện tử: đảm bảo hệ thống kế toán có thể xuất dữ liệu ra định dạng đọc được bằng phần mềm văn phòng thông dụng bất cứ lúc nào.
- Xây dựng quy trình phản hồi nhanh: cử người có thẩm quyền trực tiếp làm việc với đoàn kiểm tra, đảm bảo phản hồi yêu cầu hồ sơ trong vòng 6 giờ làm việc.
- Rà soát thông tin mã số thuế: kiểm tra lại địa chỉ, người đại diện, ngành nghề đăng ký để tránh vướng vào diện xử lý làm sạch MST.
- Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: chuẩn bị sẵn hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết vì thời hạn kiểm tra có thể kéo dài tới 40 ngày.
- Với các công văn hướng dẫn GTGT/thuế tài nguyên/tiền thuê đất: chỉ áp dụng cho tình huống tương tự, luôn đối chiếu căn cứ pháp lý gốc trước khi vận dụng.
Câu hỏi thường gặp
Kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp kéo dài tối đa bao lâu?
Tối đa 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, gia hạn 1 lần không quá 20 ngày. Với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thời hạn tối đa là 40 ngày (gia hạn 1 lần không quá 40 ngày).
Chậm cung cấp hồ sơ cho đoàn kiểm tra thuế bị xử lý thế nào?
Nếu chậm quá 6 giờ làm việc kể từ khi nhận yêu cầu, hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác, đoàn kiểm tra sẽ lập biên bản vi phạm hành chính và xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP).
Thông tư 119/2026/TT-BTC có áp dụng cho doanh nghiệp tư nhân không?
Không áp dụng trực tiếp. Thông tư chủ yếu điều chỉnh các đơn vị quản lý nợ công như Bộ Tài chính, Kho bạc Nhà nước, chính quyền địa phương. Doanh nghiệp chỉ cần quan tâm nếu có khoản vay lại từ nguồn vốn vay nước ngoài của Chính phủ.
Kết luận
Quy trình kiểm tra thuế mới theo Quyết định 1161/QĐ-CT đặt ra yêu cầu cao hơn về tốc độ phản hồi và mức độ sẵn sàng dữ liệu điện tử của doanh nghiệp. Kết hợp với các công văn hướng dẫn GTGT, thuế tài nguyên, tiền thuê đất và chiến dịch làm sạch mã số thuế đang diễn ra, đây là thời điểm kế toán trưởng nên rà soát lại toàn bộ hồ sơ, quy trình nội bộ để chủ động ứng phó khi có đoàn kiểm tra. Theo dõi thêm các bản tin cập nhật pháp luật thuế – kế toán hàng ngày tại ketoanstartup.com để không bỏ lỡ thay đổi quan trọng nào.