Hoàn Thuế GTGT 2026: Điểm Mới Công Văn 6936/CT-QLTT Cục Thuế

Nếu doanh nghiệp bạn đang có hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT bị chậm giải quyết vì cảnh báo rủi ro từ nhà cung cấp, đây là tin đáng chú ý. Ngày 18/9/2026, Cục Thuế vừa ban hành Công văn 6936/CT-QLTT, thống nhất lại nguyên tắc xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo hướng rõ ràng và có lợi hơn cho doanh nghiệp. Cùng ngày, Công văn 6865/CT-QLNT cũng hướng dẫn thêm về cách tính giá đất được trừ khi tính thuế GTGT cho bất động sản. Bài viết này tóm tắt những điểm kế toán, chủ doanh nghiệp cần nắm ngay.

Bảng Tóm Tắt Văn Bản Mới

Nguyên Tắc Mới Trong Xử Lý Hồ Sơ Hoàn Thuế GTGT

Điểm mấu chốt của Công văn 6936/CT-QLTT là phân biệt rõ giữa cảnh báo rủi ro và kết luận vi phạm. Cụ thể:

• Cảnh báo rủi ro không phải là bằng chứng vi phạm. Thông tin rủi ro về người bán, hóa đơn hay một mắt xích trong chuỗi cung ứng chỉ là dữ liệu đầu vào để cơ quan thuế đánh giá, không đồng nghĩa giao dịch không có thật hay hóa đơn không hợp pháp.
• Chỉ phần tiền có rủi ro mới bị treo. Nếu hệ thống quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, cơ quan thuế chỉ đưa phần đó vào diện kiểm tra trước hoàn — phần còn lại vẫn được xử lý và hoàn bình thường nếu đủ điều kiện.
• Không mở rộng phạm vi kiểm tra tùy tiện. Nội dung yêu cầu giải trình phải gắn đúng với phần số tiền, giao dịch cần làm rõ — không vì một cảnh báo rủi ro đơn lẻ mà treo toàn bộ hồ sơ.

Rủi Ro Của Nhà Cung Cấp Cấp 2, Cấp 3 (F2, F3) Được Xử Lý Thế Nào?

Trong quản lý rủi ro, người bán trực tiếp xuất hóa đơn cho doanh nghiệp đề nghị hoàn được gọi là F1; các nhà cung cấp ở cấp tiếp theo là F2, F3… Công văn 6936/CT-QLTT quy định rõ:

• Nếu F2, F3 phát sinh cảnh báo rủi ro nhưng F1 (người bán trực tiếp) chưa có cảnh báo, cơ quan thuế không được chỉ căn cứ vào cảnh báo tại F2, F3 để chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn hoặc từ chối hoàn.
• Thông tin rủi ro của các cấp trong chuỗi cung ứng chỉ dùng làm dữ liệu đầu vào để đánh giá, khoanh vùng nội dung cần rà soát — không phải căn cứ kết luận trực tiếp.
• Việc người bán ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, giải thể… chỉ là thông tin phục vụ quản lý rủi ro, không phải căn cứ để từ chối hoàn hoặc thu hồi thuế đã hoàn.

Từ 01/01/2026: Người Bán Chưa Kê Khai, Nộp Thuế Không Còn Là Rào Cản Hoàn Thuế

Theo khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15, điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT” đã bị bãi bỏ khỏi điều kiện hoàn thuế của bên mua, có hiệu lực từ 01/01/2026. Điều này có nghĩa:

• Đối với kỳ hoàn thuộc phạm vi áp dụng quy định hiện hành, việc người bán chưa kê khai/nộp thuế GTGT không còn là lý do để từ chối hoàn thuế của bên mua.
• Tuy nhiên, thông tin này vẫn được cơ quan thuế sử dụng làm dữ liệu đầu vào phục vụ quản lý rủi ro, kết hợp với các thông tin khác.
• Doanh nghiệp mua hàng vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác: hóa đơn hợp lệ, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, giao dịch có thật.

Vì vậy, kế toán cần đặc biệt lưu ý lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch thật: hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, chứng từ giao nhận/vận chuyển, hồ sơ xuất nhập khẩu (nếu có). Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, doanh nghiệp có 10 ngày làm việc để bổ sung thông tin, tài liệu.

Giá Đất Được Trừ Khi Tính Thuế GTGT Bất Động Sản

Song song đó, Công văn 6865/CT-QLNT (16/9/2026) nhắc lại nguyên tắc xác định giá tính thuế GTGT đối với hoạt động kinh doanh bất động sản: giá tính thuế = giá bán bất động sản chưa có thuế GTGT trừ đi giá đất được trừ (tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất đã nộp ngân sách nhà nước), theo Điều 7 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Điều 8 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Doanh nghiệp kinh doanh, chuyển nhượng bất động sản cần rà soát lại cách tính này khi xuất hóa đơn GTGT để tránh kê khai sai.

Ứng Dụng Thực Tế Cho Kế Toán Doanh Nghiệp

Từ những thay đổi trên, phòng kế toán nên hành động ngay:

• Rà soát danh sách hồ sơ hoàn thuế GTGT đang bị chậm/treo do cảnh báo rủi ro của nhà cung cấp, đối chiếu nguyên tắc mới để làm việc lại với cơ quan thuế.
• Chuẩn hóa việc lưu trữ hồ sơ chứng minh giao dịch thật cho mọi hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
• Doanh nghiệp bất động sản cập nhật lại cách xác định giá đất được trừ khi xuất hóa đơn GTGT.
• Phổ biến nguyên tắc “cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa kết luận vi phạm” tới nhân viên phụ trách hồ sơ hoàn thuế để tránh phản ứng sai quy trình khi nhận thông báo rà soát.

Câu Hỏi Thường Gặp

1. Cảnh báo rủi ro trên hồ sơ hoàn thuế GTGT có đồng nghĩa doanh nghiệp bị từ chối hoàn không?

Không. Theo Công văn 6936/CT-QLTT, cảnh báo rủi ro chỉ là dữ liệu đầu vào để cơ quan thuế rà soát, xác minh — không tự động đồng nghĩa hóa đơn không hợp pháp hay giao dịch không có thật.

2. Một phần hồ sơ có rủi ro thì toàn bộ số tiền đề nghị hoàn có bị dừng không?

Không. Chỉ phần số tiền được xác định có rủi ro mới thuộc diện kiểm tra trước hoàn; phần còn lại tiếp tục được xử lý và hoàn theo trình tự thông thường nếu đủ điều kiện.

3. Người bán chưa nộp thuế GTGT thì bên mua có được hoàn thuế không?

Từ 01/01/2026, đây không còn là điều kiện bắt buộc để bên mua được hoàn thuế, nhưng doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác về hóa đơn, chứng từ và tính có thật của giao dịch.

4. Giá đất được trừ khi tính thuế GTGT bất động sản xác định thế nào?

Theo Điều 8 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hướng dẫn chi tiết cách xác định giá đất được trừ trong từng trường hợp cụ thể; doanh nghiệp nên đối chiếu hồ sơ thực tế với quy định này trước khi xuất hóa đơn.

Kết Luận

Công văn 6936/CT-QLTT và 6865/CT-QLNT là hai văn bản đáng chú ý trong tháng 9/2026, giúp làm rõ nguyên tắc xử lý hoàn thuế GTGT và cách tính giá đất được trừ cho bất động sản. Kế toán doanh nghiệp nên chủ động rà soát hồ sơ hoàn thuế đang tồn đọng, chuẩn hóa hồ sơ chứng từ và cập nhật ngay các thay đổi này để tránh rủi ro khi quyết toán, thanh tra thuế.