Ở bài trước trong chuỗi Điều 4, 6 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, chúng ta đã biết Nhà nước hỗ trợ đầu tư hạ tầng và giảm tiền thuê lại đất cho doanh nghiệp công nghệ cao, DNNVV, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo thuê trong khu công nghiệp (KCN), cụm công nghiệp (CCN), vườn ươm công nghệ. Nhưng ai là người bỏ tiền túi ra giảm giá thuê trước – và họ được Nhà nước hoàn lại như thế nào? Đó chính là nội dung Điều 5, quy định thủ tục hoàn trả tiền thuê lại đất cho chủ đầu tư kinh doanh hạ tầng KCN, CCN. Đây là bài mà kế toán, tài chính của các công ty hạ tầng khu công nghiệp cần nắm kỹ, vì liên quan trực tiếp đến dòng tiền và hồ sơ chứng từ hoàn trả.
📋 Mục Lục Bài Viết
Ai Được Hoàn Trả Và Cần Điều Kiện Gì?
Theo khoản 6 Điều 7 Nghị quyết 198/2025/QH15, chủ đầu tư kinh doanh hạ tầng KCN/CCN/vườn ươm công nghệ phải giảm tiền thuê lại đất cho một số nhóm doanh nghiệp. Điều 5 Nghị định 20/2026/NĐ-CP cho phép chính chủ đầu tư này được hoàn trả lại phần đã giảm từ ngân sách nhà nước, nếu đáp ứng đủ 3 điều kiện (khoản 2):
Một là có quỹ đất được UBND cấp tỉnh quyết định dành riêng cho nhóm doanh nghiệp ưu đãi thuê. Hai là đã ký hợp đồng cho thuê đất trong đó ghi rõ giá thuê đã áp dụng mức giảm theo Nghị quyết 198. Ba là doanh nghiệp thuê đã thực trả tiền thuê theo hợp đồng trong năm đề nghị hoàn trả, và chủ đầu tư phải nộp đề nghị hoàn trả trong vòng 12 tháng kể từ ngày các bên thanh toán.
Nhóm doanh nghiệp thuê đất được hưởng ưu đãi này (khoản 3) gồm: doanh nghiệp công nghệ cao thuộc kinh tế tư nhân, doanh nghiệp nhỏ và vừa, và doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo được công nhận theo Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.
Hình Thức Hoàn Trả Và Nguồn Vốn
Khoản 4 Điều 5 quy định 2 cách hoàn trả. Cách một là bù trừ trực tiếp vào số tiền thuê đất mà chủ đầu tư còn phải nộp trong năm (áp dụng khi chủ đầu tư nộp tiền thuê đất hàng năm và chưa nộp xong nghĩa vụ); nếu khoản được giảm lớn hơn số phải nộp, phần chênh lệch vẫn được hoàn từ ngân sách. Cách hai là hoàn trả trực tiếp từ ngân sách nhà nước vào tài khoản chủ đầu tư, áp dụng khi chủ đầu tư đã nộp đủ tiền thuê đất hoặc được miễn toàn bộ tiền thuê đất cho cả thời hạn thuê.
Nguồn vốn hoàn trả (khoản 5) được bố trí từ cả ngân sách trung ương và ngân sách địa phương, theo đúng tỷ lệ phân chia tiền thuê đất giữa các cấp ngân sách theo Luật Ngân sách nhà nước.
Trình Tự, Thủ Tục Và Hồ Sơ Đề Nghị Hoàn Trả
Khoản 6 quy định quy trình 5 bước tại Sở Tài chính nơi có đất: chủ đầu tư nộp 01 bộ hồ sơ (trực tiếp, qua bưu chính hoặc trực tuyến trên Cổng dịch vụ công quốc gia). Nếu hồ sơ chưa hợp lệ, Sở Tài chính thông báo trong 3 ngày làm việc để bổ sung. Khi hồ sơ đã đủ, Sở Tài chính có 7 ngày làm việc để thẩm định và báo cáo UBND cấp tỉnh. UBND cấp tỉnh có 3 ngày làm việc để ra quyết định chấp thuận số tiền và hình thức hoàn trả. Sau đó, nếu bù trừ vào tiền thuê đất thì cơ quan thuế hạch toán trong 2 ngày làm việc; nếu hoàn từ ngân sách thì Kho bạc Nhà nước chuyển tiền trong 3 ngày làm việc.
Hồ sơ đề nghị hoàn trả (khoản 7) gồm: Văn bản đề nghị hoàn trả theo mẫu Phụ lục I; Giấy xác nhận thông tin doanh nghiệp thuê lại đất theo mẫu Phụ lục II (do chính doanh nghiệp thuê đất lập và ký xác nhận loại hình ưu đãi của mình); bản sao giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao hoặc giấy công nhận doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo (nếu thuộc 2 nhóm này); bản sao hợp đồng thuê đất có chứng thực; và hóa đơn, chứng từ chứng minh doanh nghiệp đã thanh toán tiền thuê đất cho chủ đầu tư trong năm đề nghị hoàn trả. Nếu nộp trực tuyến, toàn bộ hồ sơ chuyển sang dạng văn bản điện tử và có giá trị pháp lý tương đương hồ sơ giấy.
Ví Dụ Minh Họa
Công ty X là chủ đầu tư hạ tầng một khu công nghiệp. Theo quyết định của UBND tỉnh, Công ty X phải giảm 20% giá thuê lại đất cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa thuê trong khu. Năm 2026, Công ty X đã cho Công ty Y (DNNVV) thuê 5.000 m² với giá gốc 1 triệu đồng/m²/năm, đã giảm còn 800.000 đồng/m²/năm, và Công ty Y đã thanh toán đủ theo hợp đồng. Số tiền Công ty X đã giảm là 5.000 x 200.000 đồng = 1 tỷ đồng. Trong vòng 12 tháng kể từ ngày nhận tiền thuê, Công ty X lập hồ sơ theo Phụ lục I, kèm Giấy xác nhận Phụ lục II do Công ty Y ký, gửi Sở Tài chính để xin hoàn trả 1 tỷ đồng này – có thể bằng cách bù trừ vào tiền thuê đất Công ty X còn phải nộp cho Nhà nước, hoặc nhận tiền trực tiếp từ ngân sách nếu Công ty X đã nộp đủ tiền thuê đất của mình.
Trường Hợp Doanh Nghiệp Phải Hoàn Trả Lại Ngân Sách
Khoản 8, 9 đặt ra ràng buộc quan trọng: trong 5 năm kể từ khi được hỗ trợ, doanh nghiệp thuê đất (không phải chủ đầu tư) phải hoàn trả toàn bộ số tiền đã được hỗ trợ nếu vi phạm pháp luật đầu tư/đất đai dẫn đến bị chấm dứt dự án hoặc thu hồi đất (hoàn trả chậm nhất 1 tháng kể từ ngày chấm dứt/thu hồi), hoặc nếu chuyển nhượng quyền sử dụng đất, tài sản trên đất cho bên không thuộc đối tượng ưu đãi (hoàn trả chậm nhất 1 tháng kể từ ngày ký hợp đồng chuyển nhượng). Quá thời hạn trên, doanh nghiệp phải nộp thêm tiền chậm nộp theo pháp luật quản lý thuế. Ngoài ra, nếu sau này thanh tra, kiểm toán phát hiện doanh nghiệp thực chất không đủ điều kiện được hưởng ưu đãi ngay từ đầu, doanh nghiệp cũng phải hoàn trả toàn bộ số tiền cộng tiền chậm nộp tương ứng.
Câu Hỏi Thường Gặp
Chủ đầu tư hạ tầng KCN hạch toán khoản tiền được hoàn trả này như thế nào?
Về bản chất, đây là khoản chủ đầu tư đã giảm giá cho khách thuê rồi được ngân sách bù lại, nên khi nhận được quyết định chấp thuận hoàn trả của UBND cấp tỉnh, kế toán ghi nhận khoản phải thu từ ngân sách nhà nước, và khi thực nhận (qua bù trừ tiền thuê đất phải nộp hoặc nhận tiền từ Kho bạc) thì tất toán khoản phải thu này.
Nếu doanh nghiệp thuê đất chỉ thuê một phần thời gian trong năm thì có được hỗ trợ không?
Điều 5 không giới hạn theo tỷ lệ thời gian thuê trong năm, miễn hợp đồng thuê đất đã ghi đúng giá đã giảm và doanh nghiệp thuê đã thực thanh toán trong năm đề nghị hoàn trả; tuy nhiên số tiền đề nghị hoàn trả phải tính đúng theo diện tích và đơn giá thực tế ghi trong hợp đồng, theo công thức tại Phụ lục I.
Hồ sơ nộp thiếu Giấy xác nhận Phụ lục II có được chấp nhận không?
Không. Phụ lục II là giấy do chính doanh nghiệp thuê đất tự xác nhận loại hình ưu đãi và mức giá đã giảm, dùng để đối chiếu với hồ sơ chủ đầu tư nộp – thiếu giấy này, hồ sơ bị coi là chưa hợp lệ và Sở Tài chính sẽ yêu cầu bổ sung trong 3 ngày làm việc.
Kết Luận
Điều 5 Nghị định 20/2026/NĐ-CP đặt ra cơ chế cụ thể để chủ đầu tư hạ tầng KCN, CCN, vườn ươm công nghệ được hoàn lại phần tiền thuê đất đã giảm cho doanh nghiệp công nghệ cao, DNNVV, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo – với điều kiện, hồ sơ (Phụ lục I, II) và thời hạn xử lý rõ ràng, nhưng cũng kèm ràng buộc hoàn trả ngược nếu doanh nghiệp thuê đất vi phạm hoặc không đủ điều kiện. Bài tiếp theo trong chuỗi sẽ chuyển sang Điều 7, 8 – ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân, phần liên quan trực tiếp nhất đến công tác kế toán thuế hàng ngày. Xem lại bài Tổng quan Nghị định 20/2026/NĐ-CP để nắm phạm vi và đối tượng áp dụng chung của toàn Nghị định.